保護VPS服務器的方法包括以下幾個方面：

首先，重新設置VPS服務器的用戶名和端口，以避免黑客輕易破解利用。通過更改默認用戶名并設置強密碼，可以增加服務器的安全性。同時，修改遠程登錄端口，使用非默認端口可以減少被暴力破解的風險。

其次，對VPS服務器的文件夾權限進行適當的分配，以防止用戶惡意篡改文件內容，加強服務器的數據安全性。可以設置只讀權限或者限制特定用戶組的訪問權限，確保只有授權用戶可以對文件進行修改。

另外，給VPS服務器安裝防護軟件可以提高服務器的防御能力。例如，在Windows系統上可以安裝殺毒軟件、防火墻和安全工具等，這些軟件可以幫助檢測和攔截惡意攻擊，保護服務器的安全性。安全狗是一種常用的服務器安全軟件，可以提供系統的防護和攻擊攔截功能。

除了設置防護軟件，定期查看服務器日志也是重要的一步。通過查看日志記錄，可以發現異常信息并追溯攻擊源頭，及時采取相應的處理措施，提高服務器的安全性。